（二）組織收入和執(zhí)行支出產(chǎn)生的問題
《預(yù)算法》規(guī)定，國家實行中央與地方分稅制，上級政府不得在預(yù)算外調(diào)動下級政府預(yù)算資金，下級政府不得擠占或截留屬于上級政府的預(yù)算資金。但在實施中存在著：
某些地方政府將應(yīng)納入預(yù)算內(nèi)的收入放在預(yù)算外，私設(shè)小金庫，拖欠、截留、隱瞞上級財政收入，擅自越權(quán)減免稅收，違規(guī)超越權(quán)限，突破計劃亂退庫；
屬于地方固定收入的稅收，稅率設(shè)置權(quán)在中央，政策制定和減免權(quán)也在中央，結(jié)果是中央對地方的收入有調(diào)控權(quán)，地方預(yù)算收入組織受到影響；
一部分中央支出向地方轉(zhuǎn)嫁，如軍分區(qū)退休干部公費醫(yī)療、武警防暴隊支出、支援三峽及貧困地區(qū)支出等。
（三）預(yù)算執(zhí)行中存在法律空檔
我國預(yù)算年度與日歷年度同步，自公歷1月1日到12月31日止，而立法審批機關(guān)——全國人民代表大會召開會議的時間一般在每年3月上旬，地方人代會開會時間更晚些，待預(yù)算獲得正式批準(zhǔn)后，預(yù)算年度已過去三四個月的時間了，這就使得我國政府預(yù)算收支中每年有1/4的時間是在立法機構(gòu)的監(jiān)督之外，差不多形成了1/4預(yù)算年度的法律空檔。
雖然舊《預(yù)算法》第44條對此作出規(guī)定，在此期間，各級政府可先按上年同一時間的預(yù)算數(shù)額支出，待預(yù)算獲得批準(zhǔn)后，再按批準(zhǔn)的預(yù)算執(zhí)行，但由于該規(guī)定在本法和實施條例中均沒有具體指導(dǎo)，因此實際中的約束力不大，出現(xiàn)了預(yù)算約束的“真空時期”。這一問題也大大降低了我國政府預(yù)算的法定性程度，助長了各級地方政府隨意支出的欲望，對待各項支出，形成了“能支出就先支出，以后再說”的支出沖動。
《國務(wù)院關(guān)于深化預(yù)算管理制度改革的決定》中對預(yù)算執(zhí)行管理方面作出了明確的要求，具體包括：
1.做好預(yù)算執(zhí)行工作
硬化預(yù)算約束，年度預(yù)算執(zhí)行中除救災(zāi)等應(yīng)急支出通過動支預(yù)備費解決外，一般不出臺增加當(dāng)年支出的政策，一些必須出臺的政策，通過以后年度預(yù)算安排資金。
及時批復(fù)部門預(yù)算，嚴(yán)格按照預(yù)算、用款計劃、項目進度、有關(guān)合同和規(guī)定程序及時辦理資金支付，涉及政府采購的應(yīng)嚴(yán)格執(zhí)行政府采購有關(guān)規(guī)定。
進一步提高提前下達轉(zhuǎn)移支付預(yù)計數(shù)的比例，按因素法分配且金額相對固定的轉(zhuǎn)移支付提前下達的比例要達到90%。
加快轉(zhuǎn)移支付預(yù)算正式下達進度，除據(jù)實結(jié)算等特殊項目外，中央對地方一般性轉(zhuǎn)移支付在全國人大批準(zhǔn)預(yù)算后30日內(nèi)正式下達，專項轉(zhuǎn)移支付在90日內(nèi)正式下達。
省級政府接到中央一般性轉(zhuǎn)移支付或?qū)ｍ椶D(zhuǎn)移支付后，應(yīng)在30日內(nèi)正式下達到縣級以上地方各級政府。
規(guī)范預(yù)算變更，各部門、各單位的預(yù)算支出應(yīng)當(dāng)按照預(yù)算科目執(zhí)行。
不同預(yù)算科目、預(yù)算級次或者項目間的預(yù)算資金需要調(diào)劑使用的，按照財政部的規(guī)定辦理。
2.規(guī)范國庫資金管理
規(guī)范國庫資金管理，提高國庫資金收支運行效率。全面清理整頓財政專戶，各地一律不得新設(shè)專項支出財政專戶，除財政部審核并報國務(wù)院批準(zhǔn)予以保留的專戶外，其余專戶在2年內(nèi)逐步取消。
規(guī)范權(quán)責(zé)發(fā)生制核算，嚴(yán)格權(quán)責(zé)發(fā)生制核算范圍，控制核算規(guī)模。地方各級財政除國庫集中支付年終結(jié)余外，一律不得按權(quán)責(zé)發(fā)生制列支。
按國務(wù)院規(guī)定實行權(quán)責(zé)發(fā)生制核算的特定事項，應(yīng)當(dāng)向本級人大常委會報告。
全面清理已經(jīng)發(fā)生的財政借墊款，應(yīng)當(dāng)由預(yù)算安排支出的按規(guī)定列支，符合制度規(guī)定的臨時性借墊款及時收回，不符合制度規(guī)定的借墊款限期收回。
加強財政對外借款管理，各級財政嚴(yán)禁違規(guī)對非預(yù)算單位及未納入年度預(yù)算的項目借款和墊付財政資金。
各級政府應(yīng)當(dāng)加強對本級國庫的管理和監(jiān)督，按照國務(wù)院的規(guī)定完善國庫現(xiàn)金管理，合理調(diào)節(jié)國庫資金余額。